Білім беру ұйымы қызметінің құрылымында маңызды құрамдас бөлігі әдістемелік бөлімінің қызметі болып табылады.

БЖЭТО әдістемелік қызметі ұжымның кәсіби біліктілігі мен педагогикалық шеберлігін арттыру мақсатында келесі басым бағыттары бойынша іске асырады:

-оқу-әдістемелік жұмысы (әдістемелік кеңесі, экология, туризм, өлкетану бағыттары бойынша әдістемелік бірлестіктері, жас маман мектебінің жұмысы);

-кеңес беру-әдістемелік жұмысы;

-нұсқаулы-бұқаралық жұмысы;

-ақпараттық-әдістемелік жұмысы;

-ғылыми-зерттеу және тәжірибелік жұмысы;

-ұстаздардың кәсіби біліктілігін арттыру.

БЖЭТО әдістемелік қызметі өз жұмысын ұйымдастыруда әрекет ететін мемлекеттік нормативтік-құқықтық базасы, қосымша білім беру ұйымдарының қызметін реттемелеуші нормативтік-құқықтық құжаттары, БЖЭТО Жарғысы және жылдық жұмыс жоспарын басшылыққа алады.

БЖЭТО«Балаларға қосымша білім беру бойынша қосымша білім беру ұйымдарына құжаттар қабылдау және оқуға қабылдау»  мемлекеттік қызмет стандартын жүзеге асыра, келесі бағдарламаларды құрастырып мақұлдады:

- «2007-2010 жж. қосымша білім беру жүйесінде оқушыларға үздіксіз экологиялық тәрбие және білім беру»;

- «2011-2015 жж. құзыреттілік тәсілдемесі БЖЭТО оқушыларының кәсіби тұрғыда өздігінен анықталуының құралы ретінде»;

- «2016-2018 жж. Оқушылар тұлғасының табысты әлеуметтенілуі мақсатында желілік өзара әрекеттестігі арқылы біртұтас оқыту кеңістігін құру».