Алькей Маргулан родился 10 мая(28 апреляпо старому стилю) 1904 годав аулена территории современного Экибастузского районаПавлодарской областивблизи села Коктобе (Маргулан аулы), праправнук Олжабай батыра — знаменосца Абылай хана[1].
Его отец Хакан и мать Нуриля были просвещёнными людьми своего времени. В их доме часто гостили известные в степи акыны, сказители, представители интеллигенции того времени, звучали стихи и песни Абая, Жаяу-Мусы, Таттимбета, Ахан-серіи других великих акынов Степи.
Начальное образование будущий учёный получает в аульной школе, затем с 1915 годаобучается в трёхклассной русской школе. Как раз в это время происходит Октябрьская революция и начинается гражданская война. В конце 1919 годаАлькей поступает на учительские курсы, окончив которые, в 1920 годувозвращается в родной аул и работает учителем. В том же году по инициативе известного фольклориста, организатора краеведческого общества А. А. Диваева была организована научная экспедиция в Семиречьеи бассейн реки Сырдарьи с целью сбора и изучения казахского советского фольклора. В работе этой экспедиции принял участие и молодой Алькей. После этого, чувствуя недостаточность образования, он в 1921 годупоступает в Семипалатинский педагогический техникум, одно из первых средних заведений того времени, где директором был его дед по материнской линии Абикей Сатпаев (член Алаш-Орды). В том же техникуме учились и будущий академик и геолог Каныш Сатпаеви будущий писатель и драматург Мухтар Ауэзов. Именно Мухтар в 1928 году позвал Алькея с собой учиться в Ленинград. В дальнейшем вся академическая деятельность Маргулана связана с Ленинградом. Здесь Алькей Хаканович одновременно учился в трех вузах — институте востоковедения, институте материальной культуры (позднее институт археологии) и институте искусства. Тогда успевающим студентам разрешалось учиться в нескольких институтах. Алькей Хаканович этими условиями воспользовался и получил классическое образование. Учился у великих российских ориенталистов В. Бартольда, С. Ольденбурга, И. Крачковского, С. Малова, В. Струве, А. Самойловича, Н. Маррав период расцвета школы русского востоковедения.
Во время учёбы в Ленинграде Алькей познакомился с Александром Затаевичем, вместе с ним он впоследствии приезжал на каникулы в родные края и записывал народные песни. В 1929 году Алькей заканчивает учёбу в Восточном институте, а в 1930 году работает секретарем Комитета нового алфавита при Наркомате просвещения КазССР и одновременно становится аспирантом Государственной академии истории материальной культуры при АН СССР.
Но в те сталинские годы и он не избежал репрессий и в 1934 году по навету попал в Петропавловскую крепость, откуда чудом спасся. Сумел вернуться домой, восстановиться в аспирантуре и защитить кандидатскую диссертацию.
· В 1936—1938 — научный сотрудник Института истории материальной культуры АН СССР.
· В 1939—1946 — старший научный сотрудник, заведующий сектором Института истории КазФАН СССР.
В 1946 годузащитил докторскую диссертацию на тему «Эпические сказания казахского народа» и стал заведующим отделом Института истории, археологии и этнографии АН Казахстана. Именно тогда первый президент только что созданной Академии наук Казахской ССРКаныш Сатпаевпосоветовал Алькею заняться археологией.
Провёл первые археологические раскопки древних городов вдоль рек Сырдарья, Талас, Шу, исследовал культуры Тараза, Отрара, Сайрама, Саурана, Сыганака. Советские археологи и историки полагали, что на территории древнего Казахстана практически не было городов, за исключением трассы Великого шелкового пути, где редкие поселения все же присутствовали. Однако Алькей Маргулан, исходив вдоль и поперек степи Сары-Арки, изучив раскопки Отрара, Тараза, Сайрана, Сыгнака и других городов, научно доказал, что в Казахстане существовали города в полном смысле этого слова. Более того, академик предположил, что и на севере, и на востоке Казахстана должны быть остатки древних городов. Впоследствии результаты проведенных исследований подтвердили его слова.
С 1946 по 1974 гг. Маргулан был организатором и руководителем Центрально-Казахстанской археологической экспедиции, которая и открыла крупнейший очаг цивилизации эпохи поздней бронзы — Бегазы-Дандыбаевскую культуру. В 1979 годувышла монография А. Маргулана «Бегазы-Дандыбаевская культура Центрального Казахстана» — основательный и фундаментальный труд по древней истории Казахстана. Результаты археологических исследований автора в Сары-Аркебыли обобщены в фундаментальных монографиях «Древняя культура Центрального Казахстана», «История Казахской ССР» в пяти томах.
С 1946 года — член-корреспондент АН КазССР, с 1958 года — академик, с 1960 года — профессор.
Будучи разносторонним учёным, он также написал монографии «Шокан жене Манас» (о Чокане Валихановеи киргизском эпосе «Манас»), «Ежелги жыр аныздар» («Древние легенды») и «Казахское прикладное искусство» в трех томах.
